DNA-analyse van ziekteverwekkers ontwikkelt zich snel. De methode geeft binnen een paar dagen uitsluitsel welke ziekte problemen veroorzaakt of dat wellicht in de toekomst kan gaan doen. Teeltspecialist Johan van Capelle van hortensiabedrijf Sjaak van Schie zet de tests in om te bepalen welk middel hij moet spuiten en om de waterkwaliteit te volgen.
[wcm_nonmember]
Voor het bekijken van deze content heeft u een lidmaatschap nodig, of log in als u al een lidmaatschap heeft.
[/wcm_nonmember]
[wcm_restrict]
Sjaak van Schie teelt alle opkweekstadia van Hydrangea (hortensia), van stek tot bloeiende planten. Het bedrijf heeft vestigingen in Maasdijk en Hoek van Holland en in midden-Portugal, in totaal 13,5 ha glas en 25 ha containerveld in Nederland en 6,6 ha glas en 23 ha containerveld in Portugal. Zo is jaarrond levering mogelijk.
Klimaatomstandigheden
“Uit Portugal komen jaarlijks 18 miljoen stekken, beworteld of onbeworteld. De halfwas planten die we leveren aan andere kwekers, dragen het meeste bij aan de omzet. Maar we verkopen ook het eindproduct, de bloeiende planten. De laatste drie jaren gaat het economisch goed in de sector. Dat is het resultaat van een kleine inkrimping van het aanbod bloeiend, waaraan iedereen zijn bijdrage heeft geleverd”, vertelt Johan van Capelle, teeltspecialist op de locatie Maasdijk.
De vestiging in Portugal is opgezet om te kunnen profiteren van de goede klimaatomstandigheden, met name het hoge lichtniveau en de lagere arbeidskosten. Tegelijkertijd geven de totaal andere teeltomstandigheden nieuwe uitdagingen. “Er komen in de regio soms heel grote hoosbuien voor, waardoor je opeens een uitbraak van Pythium kunt krijgen”, vertelt hij.
Gericht bestrijden
Zowel bij de Nederlandse als bij de Portugese planten doen zich regelmatig afwijkingen voor, die Van Capelle in een vroegtijdig stadium wil aanpakken om erger te voorkomen. “Bijvoorbeeld gelig blad of groeiremming. Vaak heb je wel een idee van wat er aan de hand is, maar je moet het zeker weten, want er is geen fungicide dat alles aanpakt. Iedere aantasting of afwijking heeft zijn eigen behandeling nodig, afgestemd op het moment van het jaar”, zegt hij.
Bij problemen stuurt hij een aantal aangetaste planten op naar het lab om te achterhalen om welke ziekteverwekker het gaat. “Voorheen duurde het dan zes of zeven dagen voordat de uitslag bekend was. Sinds begin dit jaar maken we gebruik van de DNA-scans. Daarmee heb je na twee dagen al uitsluitsel en kun je dus eerder gericht bestrijden”, vertelt hij.
Preventief doel
In het algemeen maakt hij gebruik van de DNA Previscan van Eurofins Agro. Die test op tien ziekteverwekkers. Het gaat dan om hoofdgroepen, zoals Phytophthora en Pythium en niet om welke specifieke soort de problemen veroorzaakt (bijvoorbeeld Phytophthora cactorum). Dat inzicht is voldoende om het juiste fungicide te kunnen kiezen.
Elke week gaat er wel een monster richting het lab. Eens per maand laat hij ook het water analyseren. Dat gebeurt met de DNA Multiscan, die test op zo’n zestig ziekteverwekkers (schimmels en bacteriën). Die test heeft veelal een preventief doel. Van Capelle wil graag inzicht voordat zich problemen voordoen. “In Portugal hebben we drie velden. Als je een tendens ziet op één bepaald veld, kun je bijvoorbeeld het watergeefsysteem aanpassen”, zegt de teeltspecialist.
Vingerafdruk
“Als de plantmonsters bij ons binnenkomen voor de uitgebreide DNA-scan, kijken we eerst waar de symptomen zitten. In de wortels, de plantvoet of de stengel”, geeft diagnotisch medewerker Anke Taal aan.
Vervolgens is het zaak het DNA uit het materiaal te krijgen, want daar gaat het om. Het monster wordt gemalen, verhit en gecentrifugeerd. Dan komt het cruciale deel. Voor elke ziekteverwekker heeft het lab een karakteristiek kort stukje DNA uitgekozen, dat alleen in die specifieke schimmel of bacterie voorkomt. Een soort vingerafdruk dus. Bovendien is er een corresponderend stukje ontwikkeld dat daaraan hecht (dit stukje heet een primer). De combinatie van het unieke DNA-deel en de primer is het geheim van de smid en de best beschermde concurrentiegevoelige informatie.
Nieuwe ziekteverwekkers
Die combinatie wordt vervolgens vermenigvuldigd met een techniek die PCR heet (PCR = polymerase chain reaction). Dat is nodig omdat er genoeg materiaal aanwezig moet zijn om te detecteren. De analist brengt daarna het vermenigvuldigde materiaal aan op een speciaal membraan. Als de betreffende soort schimmel of bacterie aanwezig is, hecht hij op een bepaalde plek aan het membraan. Hoe meer er aanwezig is, hoe donkerder de betreffende locatie op het membraan kleurt. Een analist beoordeelt tot slot hoe ernstig de besmetting is.
Van Capelle krijgt een rapportage waarin de ernst in cijfers is uitgedrukt. Op grond daarvan neemt hij beslissingen: spuiten of nog even afwachten. Of in het geval van wateranalyse bijvoorbeeld de ontsmetting nog eens onder de loep nemen.
“We voegen voortdurend nieuwe ziekteverwekkers toe aan de test, bijvoorbeeld binnenkort de nieuwe schimmelziekte Pestalotiopsis, die problemen geeft bij aardbei”, vertelt adviseur Jan Hardeman van Eurofins Agro.
Bodemvoedselweb
De uitgebreide test brengt veel organismen die aanwezig zijn, in bijvoorbeeld het water, aan het licht. Het is dan de vraag of de aanwezigheid ooit tot problemen zal leiden. Schadelijke organismen worden immers in toom gehouden door nuttige bij een gezond biologisch evenwicht in het substraat. Hun aanwezigheid kan leiden tot vals alarm.
Het ideaal zou zijn om het hele bodemvoedselweb in beeld te brengen. “We zijn daar ook mee bezig en kijken ook naar nieuwe technieken zoals Next Generation Sequencing”, vertelt Hardeman. “Alle DNA dat in een monster zit, wordt dan ontrafeld. Technisch lukt dit wel, maar deze nieuwe techniek is momenteel nog duur en de interpretatie van de data en de vertaling naar de praktijk is ingewikkeld door de grote hoeveelheid informatie die je krijgt. Al bij kleine veranderingen, bijvoorbeeld van het zuurstofniveau in het water, krijg je een heel ander evenwicht tussen de organismen. Er is nog te weinig zicht op welk evenwicht ideaal of acceptabel is.”
Weerbaarheidscheck
Behalve DNA-tests zijn ook andere methoden in ontwikkeling om het totale bodemleven in kaart te brengen, bijvoorbeeld aan de hand van fosfolipiden, vetzuren die zich in celmembranen bevinden. Verschillende groepen schimmels of bacteriën zijn op deze manier te karakteriseren. Hardeman: “We willen uiteindelijk naar een gezondheidscheck of weerbaarheidscheck; uitspraken doen over het evenwicht tussen goede en slechte organismen gecombineerd met de chemische gezondheid, zoals voeding en pH.”
Teeltspecialist Van Capelle tot slot: “Het zou inderdaad mooi zijn als je heel gericht advies zou kunnen krijgen. En ook als je beter zou weten waarom het bij de goede partijen planten juist goed gaat.”
Samenvatting
Teeltspecialist Johan van Capelle van hortensiabedrijf Sjaak van Schie maakt gebruik van twee soorten DNA-scans. De eerste om snel te weten welke ziekte het gewas aantast om direct te kunnen ingrijpen met het juiste middel. De tweede om de waterkwaliteit te monitoren. DNA-scans rukken op en worden steeds uitgebreider. Ze zouden kunnen evolueren tot complete gezondheidschecks.
Tekst: Tijs Kierkels. Foto’s: Wilma Slegers.
[/wcm_restrict]